El Consejo Asesor es el órgano encargado de establecer las directrices generales del Centro. Se reunirá ordinariamente al menos tres veces al año y extraordinariamente cuando así lo determine quien lo preside. También podrá ser convocado, extraordinariamente, por las dos terceras partes de sus miembros vía recolección de firmas, para el tratamiento de asuntos específicos.
El Consejo Científico del Centro es el órgano encargado de definir, coordinar y regular las actividades de investigación.
El Consejo de la División de Vínculo remunerado con el sector externo es el órgano interno encargado de coordinar las actividades de esta naturaleza. Funciona como ente integrador de las actividades desarrolladas en las áreas de análisis de fuentes químicas de energía, Análisis de sistemas de almacenamiento y transformación de energía y Control de Calidad. Tiene un Coordinador o Coordinadora, quien debe velar por la buena marcha de la División y por el cumplimento de las directrices de este Consejo y del Consejo Asesor.
Esta sección tiene a su cargo las labores de investigación, docencia y acción social en el área de la electroquímica y la energía química, su producción, almacenamiento y transformación. La sección académica está bajo la responsabilidad del Consejo Científico y del Coordinador académico.
Esta sección está bajo la responsabilidad de un Coordinador. Tiene a su cargo la prestación de servicios en las áreas de acción del Centro:
i. Análisis de fuentes químicas de energía.
ii. Análisis de sistemas de almacenamiento y transformación de energía.
iii. Capacitación y Formación Continua.
iv. Control de Calidad.
El Centro cuenta con una Unidad Administrativa que da apoyo a las divisiones Académica y de Vínculo remunerado con el sector externo.
Esta constituida por:
i. Jefatura Administrativa
ii. Secretaría de la División Académica
iii. Secretaría de la División de Vínculo remunerado con el sector externo
iv. Recepción de la División Académica
v. Recepción de muestras de la División de Vínculo remunerado con el sector externo
vi. Unidad de metrología, mantenimiento e informática
vii. Regencia